Началото на светското образование в Русе (Русчук) се поставя през 1838 г. с идването на даскал Параскев Дамянов във Варошкото училище. Именно учителят Параскев Дамянов въвежда взаимоучителния метод и нови учебни предмети, свързани със светското обучение. Родолюбиви русенци, начело с учителите П. Дамянов и Хр. Драганов успяват да измолят разрешение от турските власти и събират средства за построяване на новото училище. Новото „Славянобългарско училище“ е тържествено открито през 1843 г., но неговото доизграждане продължава и през 1846 г. с дарение от Евлоги Георгиев от Букурещ. Постепенно са привлечени и нови учители като Христо Драганов и Петър Арнаудов (баща на академик Михаил Арнаудов). В края на 60-те години на ХІХ век класовете се отделят от Взаимното училище и се обособяват в т. нар. „класическо “ училище. Модернизирането на класното училище настъпва след 1861 г., когато идват учителите Иван Чорапчиев и Драган Цанков (един от първите политици на Княжество България), който става Главен учител на училището. По това време за пръв път започват да се провеждат изпити за края на учебната година, които преминават при небивал интерес от русенци.
Първото русенско читалище „Зора“ е основано през 1866 г. от Драган Цанков. Едни от най-светлите образи на Освобождението: Ангел Кънчев, Никола Обретенов, Тома Кърджиев, Ганчо Карамаждраков и Ради Иванов са възпитаници на Класното училище. След Освобождението от турско робство Русенското класно училище продължава възрожденските просветни традиции. През пролетта на 1884 г. завършва първият гимназиален випуск от 7 младежа със зрелостен изпит. Големият подем на учебното дело е свързан с дейността на: Драган Цанков, Цани Гинчев, Петър Арнаудов, Иван Чорапчиев, Димитър Енчев, Нестор Марков.
През 1883-1884 г. става пълно седмокласно реално училище. През 1889 г. е обявена „Държавна реална гимназия“ с два отдела „реален“ и „класически“. С решение на Градския съвет от 26 април 1895 г., одобрено от княз Фердинанд, гимназията приема името Държавна мъжка гимназия „Княз Борис“.
Забележителна дата е 4.Х.1898 г., когато тържествено е осветена новата сграда. Самата сграда е паметник на културата с национално значение. Строена е 1894 -1898 г. по проект на архитект Петко Момчилов (1868 -1923), завършил в Прага през 1892 г. Ръководител на строежа е бил архитект Я. Шамарджиев, завършил в Ганд – Белгия, а предприемач – Ксенофон х. Петров. Проектирането на сградата е възложено още през 1892 г. на Момчилов, тогава заемащ длъжността държавен архитект в Министерството на благоустройството, и известен като „архитект по изучаване и проектиране на мъжки гимназии във Велико Търново, Русе и Видин“. Това е първият осъществен проект на автора. Тогавашното Министерство на народното просвещение е държало Мъжката гимназия да бъде образцова и е отпуснало достатъчно средства за уреждане на богати кабинети, аудитории, рисувален и гимнастически салони, лаборатории и библиотека. Строежът на сградата е струвал 720 000 златни лева. Състои се от партер и първи етаж, както и сутерен под цялата сграда, където е било централното отопление с калорифери за топъл въздух, устроени в стената. Възстановителните работи са изпълнени по проект на арх. Пламен Маринов.
За изключителната популярност, високо ниво на обучение и строга дисциплина в гимназията важно значение играе преподавателският състав, начело с директорите. Тук започва творческия си път д-р Никола Бобчев – учител и директор по-късно. Тук в продължение на 4 години учителства Стоян Михайловски. Докато бил учител по френски език в Мъжката гимназия, той написва текста на най-популярния български химн „Върви, народе възродени“, превърнал се в химн на българската просвета. Тук учителства и Цветан Радославов (1863 – 1931). През 1885 година той написва текста на песента „Горда Стара планина“, която става национален химн на България през 1964 г – „Мила Родино“. Друг поет е Трифон Трифонов, който учителствал 11 години в нашето училище. В неговото творчество освен поезия и разкази влизат драми и редактирането на сп. „Извор“ – 1892 г. (първо средношколско списание в България). В Гимназията е поставено началото на музейното дело в Русе и българската археология от учителите братя Шкорпил. През 1890-1891 г. тук е учител основоположникът на българската археология Карл Шкорпил, след него Хермантилд Шкорпил създава археоложка сбирка. Именно тя поставя началото на Русенския исторически музей. Възпитаници на Гимназията са бъдещите светила в българската наука: акад. Михаил Арнаудов, проф. Петър Мутафчиев – историк и проф. Димитър Баларев – химик. Възпитаници на Гимназията са творци със съществен принос в българската национална култура: проф. Боян Пенев – литературен критик, писателят Йордан Йовков, артистът Сава Огнянов, проф. Георги Златев-Черкин – композитор, проф. Стоян Брашованов – основател на Висшето музикално училище в София и много други. Учителят Тодор Станчев слага началото на Певческото дружество и заедно със свои колеги-учители развиват театралната дейност в града. Тук работи и цигуларят Христо Дюлгеров, който по-късно става концертмайстор на Симфоничния оркестър и основател на хор „Родина“.
На особена почит е развитието на телесното възпитание и спорт в Гимназията. За развитие на физическото възпитание и спорта голямо значение има първия учител Шарл Дюванел, основал спортното дружество „Юнак“ в града ни. Неговото дело е продължил Луи Айер – друг швейцарец. Неговата любов към България е наистина изключителна. Участва като доброволец в Балканската и Първата световна войни и загива в битката при Дойран. Той е първият спортист, участник в Олимпиада от името на България. Традициите на спорта в Гимназията продължават и в по-ново време и са свързани с учителя по физкултура Димитър Ефремов. Той станал символ на Гимназията и е възпитал поколения русенци в обич към спорта. Възпитаници на Гимназията са именитите спортисти: Долорес Накова – световна шампионка по гребане, Стоян Коев и Минчо Тодоров – участници в Олимпийските игри в Хелзинки и Мелбърн, световноизвестната състезателка и треньорка по художествена гимнастика Нешка Робева.
На два пъти в своята история Гимназията е била затваряна. Първият път през 1918 г. по време на Първата световна война сградата е реквизирана за английските окупационни войски. Вторият път, по време на Втората световна война на 7.ІХ.1944 г. сградата е заета от руска военна болница. Учениците и в двата случая продължават обучението си по русенските театри и кина.
След настъпилите промени с решение на Учителския съвет от 30.V.1945 г. Гимназията приема името на поета-революционер Христо Ботев. През 60-те години тя последователно се преобразува в Единно средно смесено училище, Единно средно политехническо училище и Средно общообразователно училище.